sisyphus-mirror-0.8.2-alt1 не зеркалирует files/.timestamp, хотя пытается использовать их в некоторых режимах. Похоже что проблема привнесена http://git.altlinux.org/people/vvk/packages/?p=sisyphus-mirror.git;a=commitdiff;h=6c182231885dc074cf6ba40a4554b4d9ac1633dc;hp=25883056d4f632c5131f155ddb0b15804ef32b08, т. к. files/.timestamp не попадают под условия вида --include=<arch>/** --include=*/ --exclude=*.
Предлагаю следующую правку: http://git.altlinux.org/people/solo/packages/?p=sisyphus-mirror.git;a=commitdiff;h=45856e4e0e49188b99fc720d7fa8d223a1432d46
sisyphus-mirror-0.8.3-alt1 -> sisyphus: * Mon Jul 27 2015 Aleksey Avdeev <solo@altlinux> 0.8.3-alt1 - New features: + New command-line options: + --link-list (ALT #31163) - Update default rsync options: + add /files/.timestamp to include (ALT #31172) - Change the list of architectures synchronized by default: + add x86_64-i586 - remove x86_32