Для исправления https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=31162 нужно иметь возможность явного указания источников хардлинков. Предлагаю в sisyphus-mirror добавить параметр --link_list (LINK_LIST), содержимое которого будет добавляться в LINK_DEST после содержимого LIST, но перед найденными резервными копиями.
http://git.altlinux.org/people/solo/packages/?p=sisyphus-mirror.git;a=commit;h=720d03d16a93ec2ade7032165d3c9c4fb114decb -- предлагаемое решение. Добавлена (см. http://git.altlinux.org/people/solo/packages/?p=sisyphus-mirror.git;a=commitdiff;h=0df5d618417664e5d3ac1543cc9946950e39212f) обработка параметров LINK_DEST (конфиг) и --link-list (командная срока).
sisyphus-mirror-0.8.3-alt1 -> sisyphus: * Mon Jul 27 2015 Aleksey Avdeev <solo@altlinux> 0.8.3-alt1 - New features: + New command-line options: + --link-list (ALT #31163) - Update default rsync options: + add /files/.timestamp to include (ALT #31172) - Change the list of architectures synchronized by default: + add x86_64-i586 - remove x86_32