В /usr/share/xsessions/mate.desktop не указано значение в Icon=, хотя в /etc/X11/wmsession.d/02Mate указано. Соответственно, при переходе c wmsession.d на Freedesktop в меню wm-select и в некоторых lightdm-greeters сеанс mate будет без пиктограммы. Быстрый хак - добавить в спек sed -i 's,^Icon=$,Icon=mate-desktop,' %buildroot%_datadir/xsessions/mate.desktop
Напоминаю.
Было исправлено в версии 1:1.26.0-alt2