При использовании следующей команды: ssh -oProxyCommand="ssh -A <host1> ssh <user> -W <host2>:<port>" '' ssh просит подтвердить установление соединения и в файле known_hosts создаётся запись, но при повторном выполнении этой команды опять повторяется запрос на подтверждение и создается ещё одна точно такая же запись в файле known_hosts.