Хорошо бы при обнаружении разбивки GPT с хотя бы одним efi system partition выдавать неблокирующее предупреждение о том, что следует перезапустить установку в режиме EFI с этого же носителя, иначе штатная загрузка уже установленных ОС станет невозможной (потребует задействования выбора установленной ОС в фирмварном boot manager, если он вообще предусмотрен и работает).

У нас на это напоролся по крайней мере один пользователь (вероятно, больше).