Хорошо бы в следующий бранч въезжать с текущими {lib,}parted; vsu@ обратил внимание на информацию по ссылке о разнице в GPT GUID, которая доступна патчем и может войти в 3.2 (и без которой виндовому файл-менеджеру оказывается легко и удобно сносить линуксовые ФС, не засунутые в LVM/RAID).
Также нашлось: --- Old versions of GNU Parted could affect the BIOS-mode bootability of GPT disks by erasing the MBR's boot code (through at least version 1.7) or by removing the Legacy BIOS Bootable flag (through at least version 2.3) used by SYSLINUX's GPT support. Version 3.1 lacks these problems. --- http://www.rodsbooks.com/gdisk/booting.html
*** Bug 28976 has been marked as a duplicate of this bug. ***
*** Bug 29616 has been marked as a duplicate of this bug. ***
Явочным порядком исправлено. Сломался в т.ч. fatresize, есть патч в дебиане: http://anonscm.debian.org/cgit/parted/debian/fatresize.git/tree/debian/patches/libparted-3.1.patch