В /etc/net/scripts/config-ipv6 выполняется flush интерфейса, если не задана опция DONT_FLUSH=yes:
        if ! is_yes "$DONT_FLUSH"; then
            $IP -6 address flush dev $NAME scope host >/dev/null 2>&1
            $IP -6 address flush dev $NAME scope site >/dev/null 2>&1
            $IP -6 address flush dev $NAME scope global >/dev/null 2>&1

Если в /etc/net/ifaces/default/options включить CONFIG_IPV6=yes, то при старте сети будет происходить flush на каждом интерфейсе, в том числе и на lo, что приводит к прибиванию
inet6 ::1/128 scope host

что в свою очередь приводит к невозможности добавить IPv6-адрес на любой другой интерфейс с невнятной диагностикой:
# ip addr add 2002:4df2:68e2::[skip]:4226/128 dev 6to4
RTNETLINK answers: Invalid argument

Т.е. фактически имеем невозможность сконфигурить ipv6 в альте малой кровью.

Видимо, из /etc/net/scripts/config-ipv6 требуется выкинуть строчку
$IP -6 address flush dev $NAME scope host >/dev/null 2>&1