Если у плагина пустая конфигурация (то есть он в настройках по умолчанию, а не добавляется пользователем), то если не используются variants, то плагин запускается лишь один раз, так как создаётся неправильный конфигурационный файл. Исправление: http://git.altlinux.org/people/boyarsh/packages/?p=xfce4-xkb-plugin.git;a=commit;h=db44da48f53339fe7e829816446ccdf5d93fe7ac
Патч применен в задаче : #12100. Прошу проверить.
#12100 -- работает